고유목적 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 1993.7.29 청구법인에게 부과고지한 취득세 84,304,140원, 등록세 20,440,400원, 교육세 4,088,080원, 합계 108,832,620원 (가산세 포함)은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구법인이 1990.1.27 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 대지 330.7m2와 동 지상건축물 657.24m2(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득일로부터 1년이 경과하도록 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이건 부동산중 토지를 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득가액(453,059,000원)에 지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하고, 이건 부동산중 건축물을 취득가액(114,730,000원)에 지방세법 제112조제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 84,304,140원 (가산세 포함)과 이건 부동산의 취득가액(567,789,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 20,440,400원, 교육세 4,088,080원, 합계 108,832,620원(가산세 포함)을 1993.7.29 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 학교법인으로서 ㅇㅇ공업전문대학 운영에 필요한 교지확보를 위하여 1985.7.24 ㅇㅇ도시계획(학교시설) 결정 및 지적승인 (고시 제88호)을 받고 동 지구내에 위치하고 있는 이건 부동산을 취득코자 하였으나 이건 부동산 소유주와의 보상금액 협의가 이루어지지 않아 1989.8.17 ㅇㅇ시 지방토지수용위원회에 수용재결 신청을 제기하여 1990.1.8 동 위원회에서는 보상그맹ㄱ을 528,887,795원으로 하고 수용시기를 1990.1.27 로 한다라는 재결서를 수령한 후 그 보상금을 ㅇㅇ지방법원에 공탁한 다음, 1990.2.26 수용을 원인으로 한 소유권 이전등기를 필하였으나 1990.3.12 이건 부동산 소유자가 ㅇㅇ시 지방토지수용위원회의 재결이 무효라는 이유를 들어 중앙토지수용위원회에 이의신청을 제기함으로써 다시 보상금액이 상향조정됨에 따라 1990.12.7 ㅇㅇ지방법원에 보상금을 공탁한 다음 이건 부동산의 명도를 요구하였으나 다시 이건 부동산의 세입자들이 명도를 거부함으로써 1991.8.14 ㅇㅇ지방법원에 건물명도소송를 제기하여 1992.4.28 건물 명도판결(91 가합 18136)을 받고 이로부터 1년이내인 1993.3.20부터 법인의 고유목적사업에 직접 사용하고 있으므로 이건 부동산중 토지는 법인의 비업무용 토지에서 제외되어야 할 뿐만 아니라 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 및 등록세 등도 비과세되어야 한다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 당부의 판단 이건 심사청구는 학교법인인 청구법인이 도시계획(학교시설) 결정 및 지적승인을 받은 지구내의 부동산을 취득·등기하였으나 부동산 소유자와의 보상금 협의가 이루어지지 아니하여 지방토지수요위원회의 재결과 중앙토지수용위원회의 이의신청 및 명도소송 등을 제기한 것이 고유목적 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세(등록세)를 부과하지 아니한다. 다만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세(등록세)를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에ㅐ 직접 사용하기 위한 취득”이라고 규정한 다음 같은법시행령 제79조제1항에서 “법제107제1호에서 대통령령이 정하는 비영리사업자라 함은 가음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정하고, 그 제2호에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지를 취득한 날로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 각각 규정하고 있다. 그런데 처분청 및 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 1990.1.27 이건 부동산을 취득한 청구법인이 취득일로부터 1년이내에 건물명도 소송을 제기하지 아니하고 1년이 경과한 1991.8.14 건물명도 소송하였다는 사유로 이건 부동산 취득·등기일로부터 1년이내에 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되지 아니한다고 결정하고 있지만 지방세법 제107조 단서와 같은법 제127조제1항 단서 및 같은법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 토지를 취득한 법인이 내부적으로 토지를 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력과 사업추진을 다하였음에도 시간적 또는 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유목적사업에 사용할 수 없는 경우와 법인 자체사유가 아닌 외부의 객관적인 사유로 인하여 고유목적사업에 사용할 수 없는 경우늘 뜻하고 있으므로 학교법인인 청구법인의 경우와 같이 학교부지로 사용하기 위하여 이건 부동산을 취득한 후 취득일로부터 1년이 경과하도록 학교시설부지로는 사용하지 아니하였지만 이건 부동산 소유자와의 보상금액 협의가 이루어지지 아니하여 1989.8.17 ㅇㅇ시 지방토지수용위원회에 수용재결 신청과 1990.3.12 중앙토지수용위원회에 이의신청 및 1991.8.14 건물명도 소송 등을 제기한 것 등을 미루어 보면 청구법인은 이건 부동산을 학교부지로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 보아야 하므로 이는 지방세법 제107조 단서와 같은법 제127조제1항 단서 및 같은법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당되어 이건 부동산의 취득세 및 등록세 등은 비과세 대상에 해당된다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되고 처분청 및 이의신청결정기관은 지방세법상 비과세규정에 관한 법리를 오해한 흠이 있으므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1994. 1. 31. 내 무 부 장 관