[주 문] 처분청이 1993.7.1 청구법인에게 부과고지한 취득세 등 부과처분중 등록세의 가산세(22,690원)와 교육세는 취소하고 나머지 부분의 심사청구는 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1988.6.30 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇㅇ-ㅇ번지 잡종지 367㎡와 동소 ㅇㅇㅇ번지 전 1,322㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 취득하고 1988.11.23 동소 ㅇㅇㅇ-ㅇ번지 잡종지 367㎡(이하 “잡종지”라 한다)는 이전등기하였으나, 동소 ㅇㅇㅇ번지 전 1,322㎡(이하 “전”이라 한다)는 이전등기를 하지 아니하였음에도 이건 토지를 취득 및 등기일로부터 1년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 간주하고 지방세법시행령 제84조의4제1항에서 규정하고 있는 법인의 비업무용 토지 및 지방세법 제127조제1항 단서규정의 등록세 추징대상으로 보아 토지취득가액(25,000,000원)에 지방세법 제112조제2항, 제131조제1항제3호제2목 및 교육세법 제5조제1항의 세율을 적용하여 취득세 4,500,000원(가산세 포함), 기납부한 등록세(49,500원)를 차감한 등록세 850,500원(가산세 포함) 및 교육세 140,100원을 1993.7.1 부과고지하였으나 1993.12.10 처분청은 등기한 사실이 없는 전(1,322㎡)은 등록세 납세의무 미발생으로 과세표준액 산정착오가 있어 과세표준을 5,432,200원으로 하여 등록세 및 교육세를 136,150원 (가산세 포함)과 24,950원으로 각각 감액결정고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 1988.5.1 이건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 1988.6.30 이건 토지를 취득하여 이건 토지중 잡종지는 문화부장관의 취득승인을 얻어 1988.11.23 소유권 이전등기를 하였으나 전은 문화부장관의 취득승인을 얻지 못하자 매매계약서 단서조항의 “문화부장관의 취득승인 불허시 본 계약은 취소되고 계약금은 반환한다”라는 규정에 의거 매매 계약 전체를 해제하였고 기 등기된 잡종지에 대하여 법원의 이전등기 말소소송 확정판결을 얻어 1991.3.23 말소등기를 경료한 바, 계약효력의 소급적 소멸을 목적으로 하여 매매계약이 합의해제되었으므로 이건 토지를 취득 및 등기한 것으로 볼 수 없음에도 처분청에서 이건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 취소를 구하였다.
3. 당부의 판단 이건 심사청구는 이건 토지를 취득 및 등기한 후 매매계약을 합의해제하고 말소등기한 경우 취득세·등록세의 부과대상이 되는지 여부 및 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인이 이건 토지 취득일로부터 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 경우 취득·등기 당시 비과세된 취득세·등록세를 추징할 수 있는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로
- 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제104조제8호에서 “취득: 매매,... 등과 기타 이와 유사한 취득으로서... 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다”라고 규정한 다음, 같은법시행령 제73조제1항에서는 “유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(...)에 취득한 것으로 본다”라고 규정하고 있으며, 또한 지방세법 제112조제2항에서는 “대통령령으로 정하는... 법인의 비업무용 토지... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다”라고 규정하고 동법시행령 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있으며, 같은법 제124조의 규정은 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득... 에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(...)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다”라고 하고 있으며, 같은법 제127조제1항의 규정은 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만,... 등기 또는 등록일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 하고, 그 제1호에서 “제사, 종교,...사업을 목적으로 하는... 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산등기”라고 규정하고 있으며, 같은법 제131조제1항제3호의 규정은 소유권 취득에 따른 농지이외의 취득에 있어서 등록세의 세율을 “부동산 가액 1000분의 30”으로 각각 규정하고 있다.
- 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인으로서 1988.6.30 교회신축부지로 사용하기 위하여 이건 토지를 취득한 후 이건 토지중 잡종지는 1988.11.23 소유권 이전등기를 하였으나 매매계약 해제조건에 따라 1990.7.23 이건 토지에 대한 매매계약을 합의해제하고 잡종지의 이전등기를 1991.3.23 말소등기하였음에도 처분청에서는 이건 토지를 취득 및 등기일로부터 1년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 간주하고 지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 취득세를 중과세하고 같은법 제127조제1항의 단서규정을 적용하여 이건 토지 전체에 대하여 비과세된 등록세 및 교육세를 부과하고, 1993.12.10 이건 토지중 취득후 등기하지 아니한 전에 대한 등록세 및 교육세를 각각 감액결정 고지하였음은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구법인은 이건 토지 취득시 매매계약 조건에 따라 이건 토지에 대한 매매계약을 해제하고 이건 토지중 1988.11.23 이전등기한 잡종지는 1991.3.23 말소등기하였으므로 처분청에서 이건 토지에 대한 취득세 등을 과세한 것은 부당하다고 주장하지만, 지방세법 제104조제8호에서 “매매,... 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득·승계취득 또는 유상·무상을 불문한 일체의 취득”을 취득세 납세의무가 있는 취득으로 규정하고 있고 같은법시행령 제73조제1항에서 “유상승계 취득의 경우에는 그 잔금지급일에 취득한 것으로 본다”라고 규정하고 있어 취득시기를 잔금지급일로 규정하고 있고, 취득세는 그 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생하는 것이고 일단 적법하게 취득한 다음에는 그 후 당사자간 합의에 의하여 계약을 해제하고 반환한다 하더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에는 아무런 영향을 줄 수 없다 (대법원 1991.5.14 선고 90누7906)할 것이므로 청구법인의 경우와 같이 1988.5.1 청구외 ㅇㅇㅇ와 매매계약을 체결한 다음 잔금지급일을 1988.6.30로 명시한 사실이 청구법인이 제출한 매매계약서에서 입증되고 있고 이건 토지중 잡종지에 대하여는 소유권 이전등기를 경료한 사실이 등기부등본에서 입증되고 있는 이상 청구법인은 이건 토지를 잔금지급일인 1988.6.30에 취득한 것으로 보아야 할 것이며, 청구법인이 그 후 매매계약서 단서조항에 의거 매매계약을 합의해제하였다 하더라도 청구법인의 경우 당초 이건 부동산의 취득사실에 대한 조세채권의 성립에는 아무런 영향을 미칠 수 없다 할 것이고, 또한 청구법인은 이건 토지를 취득한 날로부터 1년이내 고유업무에 직접 사용하였음을 입증하는 자료를 달리 발견할 수 없고 청구법인이 제출한 판결문 (서울민사지방법원 1990.10.30 선고 90가단45777)에 의하면 1990.7.23 이건 토지에 대한 매매계약을 합의해제한 사실이 있는 점 등에 비추어 보아 처분청에서 이건 토지를 취득한 후 1년이 경과하도록 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 지방세법 제112조제2항의 법인의 비업무용 토지로 보아 이건 취득세의 부과처분은 적법한 것으로 판단되고, 한편 지방세법 제124조에서 “등록세는... 공부에 등기... 하는 경우에 그 등기를... 받은 자에게 부과한다”라고 규정하고 있고, 같은법 제127조제1항의 단서규정은 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 등기일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세된 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 이건 토지중 잡종지에 대하여 1988.11.23 소유권 이전등기를 하고 1990.3.23 말소등기를 하였다 하더라도 등기일로부터 1년이내에 청구법인의 목적사업에 직접 사용하였음을 증명하는 자료를 달리 발견할 수 없으므로 잡종지에 대한 조세채권의 성립에는 영향이 없다 할 것이므로 1993.12.10 처분청의 등록세 감액결정고지는 적법한 것으로 판단되나, 지방세법 제151조에서 “등록세 납세의무자가 제130조제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수 방법에 의하여 징수한다”라고 규정되어 있을 뿐 등록세가 비과세된 후 추징사유가 발생한 경우 비과세된 세액을 자진신고납부하도록 된 규정이 없으므로 청구법인이 이건 부동산중 잡종지를 취득등기하였다가 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다 하더라도 비과세된 등록세를 자진신고납부할 의무는 없다 할 것이므로(대법원 1992.5.12 선고, 91누10619 참조) 비과세된 등록세를 추징하면서 가산세를 가산한 1993.12.10 처분청의 부과처분은 잘못이라 할 것이고, 또한 교육세법 부칙 제4조의 규정은 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세에 있어서는 이 법 시행의 규정은 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세에 있어서는 이 법 시행(1991.1.1)후 최초로 등기하는 것부터 교육세법을 적용토록 되어 있고 방위세법폐지법률 (1990.12.31 법률 제4289호) 부칙 제2조의 규정은 “이법 시행당시 종전의 방위세법에 의하여... 부과...하여야 할 방위세에 관하여는 종전의 규정에 의한다” 라고 되어 있으므로 이건 부동산 등기에 대한 등록세 과세권은 이건 부동산등기일인 1988.11.23 발생하였다 할 것이므로 교육세 부과처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구법인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1993. 12. 27. 내 무 부 장 관