취득세등을 부과고지 하는 것이 적법한지의 여부(경정)

[주 문] 처분청이 1992.8.17 부과고지한 취득세 19,598,280원, 등록세 146,987,120원, 방위세 29,397,420원중 취득세는 이를 취소하고 등록세는 117,589,700원 방위세는 23,517,930원으로 경정결정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 금융업을 목적사업으로하는 청구법인이 1990.6.18 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 토지 176.9668m2와 동지상 건축물 659.45m2(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득등기한 후 지점(ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점)을 설치하여 운영하고 있으므로 이건 부동산을 대도시내 지점설치에 따른 부동산취득등기로 보아 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미자진신고 납부한 세액을 차감한 취득세 19,598,280원 등록세 146,987,120원 방위세 29,397,420원 합계 195,982,820원을 1992.8.17 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재에 본점을 두고 금융업을 영위하는 법인으로서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 토지 2,452.9와 동지상 건축물 3,243.96에서 청구법인의 ㅇㅇ지점을 운영하였으나 동지점 부속토지의 일부인 548.1가 부산제2도시고속도로 건설구간계획에 의하여 수용됨에 따라 1989.6.29 보상금 816,595,180원을 수령하고 1990.6.18 이건 부동산을 대체 취득한후 이건 부동산의 취득가액 1,430,000,000원중 토지수용보상금 816,595,180원을 초과한 613,404,820원에 대한 취득세 및 등록세등을 납부하였음에도 처분청에서는 1990.7.3 이건 부동산내에서 청구법인의 새로운 지점인 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점을 설치하였다는 사유만으로 비과세한 취득세와 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세등을 추징함은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 당부의 판단 이건 심사청구는 청구법인이 공공용지에 편입된 토지의 보상금으로 대체 취득한 부동산내에 지점을 설치한 경우에 대체 취득한 부동산에 대한 취득세등을 부과고지 하는 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제109조 제1항에서 “토지수용법, 도시계획법등 관계법령의 규정에 의하여 토지를 수용할 수 있는 사업인정을 받은자에게 토지 또는 건축물이 매수 또는 수용되거나 철거된자가 그 보상금을 마지막으로 받은날로부터 1년이내에 이에 대체할 토지 또는 건축물을 취득한 때에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 토지 또는 건축물가액의 합계액이 종전의 토지 또는 건축물 가액의 합계액을 초과하는 경우네 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다”라고 규정한 후 그 제1호에서 “토지 또는 건축물의 대체취득에 법 제111조 제5항의 각호의 규정에 의한 취득가액에서 매수, 수용, 철거된 토지 또는 건축물의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다”라고 규정하고 있으며 구 지방세법 제127조의 2에서는 “토지수용법, 도시계획법등 관계법령의 규정에 의하여 토지를 수용할 수 있는 사업인정을 받은자”에게 토지 또는 건축물이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 그 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년이내에 이에 대체할 토지 또는 건축물을 취득한 때에는 그 등기에 대한 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 토지 또는 건축물 가액의 합계액이 종전의 토지 또는 건축물 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 등록세를 부과하며 초과액의 산정기준 방법등은 대통령령으로 정한다“라고 규정하고 같은법 시행령 제96조의 2에서 ”법 제127조의 2의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 79조의 3의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 같은 방법으로 한다“라고 규정하고 같은법 제138조 제1항에서는 ”다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을... 당해 세율의 5배로 한다“라고 한 후 제3호에서는 ”대도시내에서의 법인의 설립과 지점...의 설치...에 따른 부동산 등기“라고 각각 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재에 본점을 두고 금융업을 영위하는 법인으로서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 토지 2,452.9m2와 동지상 건축물 3,243.96m2에서 청구법인의 ㅇㅇ지점을 운영 하였으나 동지점 부속토지의 일부인 548.1m2가 부산제2도시고속도로 건설구간계획에 의하여 수용됨에 따라 1989.6.29 보상금 816,595,180원을 수령하고 1990.6.18 이건 부동산을 대체 취득한후 이건 부동산의 취득가액 1,430,000,000원중 토지수용보상금 816,595,180원을 초과한 613,404,820원에 대한 취득세 및 등록세등을 납부하였으나 처분청에서는 1990.7.3 이건 부동산내에서 청구법인의 새로운 지점인 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점을 설치하였으므로 기 비과세한 취득세와 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세등을 부과고지 한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 처분청 및 이의신청 결정기관인 ㅇㅇ시장은 청구법인의 ㅇㅇ지점이 일부토지가 도로부지로 편입된 뒤에도 동일장소에서 아무런 지장없이 종전의 지점의 기능을 다하고 있고 이건 부동산내의 ㅇㅇ지점은 ㅇㅇ지점과는 별개로 신설된 지점이므로 이건 부동산은 대체취득한 부동산에 해당되지 아니한다고 판단하고 있지만 구지방세법 제109조 제1항 및 구같은법 제127조의 2에서 “소유 부동산이 공공용지로 편입된자가 그 보상금을 마지막으로 받은날로부터 1년이내에 이에 대체할 토지 또는 건축물을 취득한 때에는 그 취득(등기)에 대한 취득세(등록세)를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있는 바 동 규정은 토지수용법령의 규정에 의하여 수용된 토지등에 대한 대체취득에 대한 취득세등 비과세는 전국 어디에서나 상관없이 보상금을 마지막으로 받은날로부터 1년 이내에 취득, 등기한 것이라면 보상가액 범위내의 금액은 취득세 및 등록세가 비과세된다는 규정이므로 청구법인의 경우와 같이 청구법인의 ㅇㅇ지점이 소재하고ㅗ 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 토지 548.1가 부산직할시 제2도시 고속도로 건설구간에 편입되고 그 보상금(816,595,180원)을 1989.6.29 수령한 후 이로부터 1년 이내인 1990.6.18 이건 부동산을 대체 취득한 것이 공공사업용토지 수용확인서등에서 입증되고 있는 이상 대체취득한 이건 부동산의 가액중 보상금의 가액에 대한 취득세 및 등록세등은 구 지방세법 제109조 제1항 및 구같은법 제127조의 2의 규정에 의하여 비과세되지만 청구법인은 이건 부동산을 취득한 후 이건 부동산을 소재지로 하여 1990.7.13 청구법인의 ㅇㅇ지점등기를 필하고 지점을 설치하여 운영하고 있으므로 이건 부동산의 취득등기는 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산등기에 해당됨에 따라 이건 부동산에 대한 등록세는 중과(일반세율의 5배)되어야 함으로 일반세율의 5배를 적용하여 산출한 세액에서 비과세한 세액을 차감한 등록세는 납세의무가 있다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되고 처분청 및 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 지방세법상의 대체취득에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1993. 1. 28. 내 무 부 장 관