기과세면제한 취득세 및 등록세등을 부과고지한 것이 적법한 부과처분인지의 여부(취소)

[주 문] 처분청에서 1992.7.20 청구법인에게 부과고지한 취득세 46,152,000원, 등록세 62,228,000원, 방위세 13,845,600원, 계 129,225,600원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구법인이 1988.12.31 ㅇㅇ도 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 8필지 토지 23,108m2(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득함으로써 구지방세법 제110조의 3 제2항 제20호 및 구같은법 제128조의 2 제2항 제20호의 규정에 의하여 취득세 및 등록세등을 과세면제하였으나 이건 토지 취득일로부터 3년이 경과하도록 방치하고 있다가 1992.1.3 연부(1992.1.3～1994.1.3)계약을 체결하여 매각중에 이건 토지를 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득등기한 토지에 해당되지 아니한다고 보아 이건 토지의 취득가액(1,923,000,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제131조의 제1항 제3호 (2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 46,152,000원, 등록세 69,228,000원, 방위세 13,845,600원, 합계 129,221,600원(가산세 포함)을 1992.7.20 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구법인은 한국토지개발공사법에 의하여 설립된 정부투자법인으로서 한국토지개발공사법 제1조(목적), 제9조(업무), 제12조(매입대상토지)등의 규정에 따라 도시계획사업, 택지개발사업등 개발을 전체로 한 토지의 취득·공급 뿐만 아니라 일반토지(비축토지)를 매입하여 현상유지관리 또는 가치증대관리를 통해 이용도가 높은 토지 비축기능 업무를 수행하고 있으므로 이는 한국토지개발공사 자체의 계획에 의거 취득·공급하는 것이 아니라 정부투자기관관리법 제4조(정부투자기관 경영평가위원회), 제5조(경영목표의 설정), 제9조(이사회), 제21조(예산편성 공통지침), 제22조(예산의 편성)등의 규정에 따라 건설부장관이 심사·조정하여 경제기획원장관이 결정한 경영목표와 이의 원활한 수행에 수반되는 예산편성으로 일반토지(비축토지)를 취득하고 있고 이들 사업에서 발생하는 이익금은 토지이용도의 증진 및 토지자원의 호율적 이용을 위하여 재투자하고 있는 바 1988.12.31 취득한 이건 토지는 토지수급조절을 목적으로 하는 비축용 토지로서 청구법인의 토지처분 심시위원회 의결을 거쳐 1992.1.3연부(1992.1.3～1994.1.3)계약을 체결하고 매각중에 있는 토지이므로 이건 토지는 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 토지에 해당되어 구지방세법 제110조의 3 제2항 제20호 및 구같은법 제128조의 2 제2항 제20호의 규정에 의하여 이건 토지에 대한 취득세 및 등록세등은 과세면제되어야 한다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 당부의 판단 이건 심사청구는 한국토지개발공사법에 의하여 설립된 청구법인이 취득·등기한 토지에 대한 취득세 및 등록세등을 구지방세법 제110조의 3 제2항 제20호 및 구같은법 제128조의 2 제2항 제20호의 규정에 의하여 과세면제받았으나 처분청에서는 토지 취득일로부터 3년이 경과한 후에 매각하였다는 사유로 기과세면제한 취득세 및 등록세등을 부과고지한 것이 적법한 부과처분인지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 구지방세법 제110조의 3 제2항에서 “다음 각호의 재산에 대하여는 취득세를 면제한다”라고 규정하고 그 제20호에서 “한국토지개발공사법에 의하여 설립된 한국토지개발공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득하는 토지 및 그 정착물”이라고 규정하고 있으며 구같은법 제128조의 2 제2항에서 “다음 각호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다”라고 규정한 다음 그 제20호에서 “한국토지개발공사법에 의하여 설립된 한국토지개발공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시취득하는 토지 및 그 정착물에 대한 등기”라고 규정하고 있으며 토지개발공사법 제9조(업무)에서 “1. 토지의 취득·개발 및 공급, 2. 국토이용관리법에 의하여 행하는 유휴지의 매수, 토지의 선매, 매수청구받은 토지의 매수(이하생략)”등을 규정하고 정부투자기관관리기본법 제4조(정부투자기관 경영평가위원회) 제2항에서 “투자기관에 관한 다음 각호의 사항은 경영평가위원회의의결을 거쳐야 한다”라고 규정한 다음 그 제1호에서 “경영목표 설정을 위한 지침의 작성”, 제2호에서 “경영목표의 조정”, 제3호에서 “예산편성에 관한 공동지침의 작성”을 규정하고 동법 제5조(경영목표의 설정) 제2항에서 “투자기관의 사장은 제1항의 규정에 의한 지침에 따라 다음 년도의 경영목표를 설정하여 8.31까지 주무장관에게 제출하고 주무부장관은 이를 심사, 조정하여 9.30까지 경제기획원장에게 제출하여야 한다”라고 규정하고 동 제3항에서 “경제기획원장관은 제2항의 규정에 의하여 제출된 경영목표를 조정하여 10.31까지 그 내용을 주무부장관 및 투자기관의장에게 통보하여야 한다”라고 규정하고, 동법 제22조(예산의 편성) 제2항에서 “투자기관의 사장은 제5조의 규정에 의한 경영목표와 제21조의 규정에 의한 지침에 따라 다음 회계연도의 예산은 당해 회계연도 개시전까지 편성하여 확정되도록 하여야 한다”라고 각각 규정하고 있다.

• 나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면 청구법인은 한국토지개발공사법에 의하여 설립된 정부투자법인으로서 1988.12.31 ㅇㅇ도 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 8필지의 토지 23,108m2를 취득함으로써 처분청으로부터 구지방세법 제110조의 3 제2항 제20호 및 구같은법 제128조의 2 제2항 제20호의 규정에 의하여 이건 토지에 대한 취득세 및 등록세등을 과세면제받았으나 처분청에서는 토지취득 후 장기간 보유하고 국가계획이 아닌 자체계획에 의하여 이건 토지를 취득한 것으로 판단하여 이건 토지에 대한 취득세 및 등록세등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 처분청은 청구법인이 자연녹지지역에 위치하고 있는 이건 토지를 취득한 후 즉시 매각하지 아니하고 방치하고 있다가 취득일로부터 3년이 경과한 후인 1992.1.3 연부 매각계약을 체결하였을 뿐만 아니라 이건 토지의 취득도 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 취득한 것이 아니고 청구법인의 자체계획에 의하여 취득한 것으로 보아 이건 토지에 대한 취득세등을 부과고지한 것은 정당하다고 주장하고 있지만 구지방세법 제110조의3 제3항 제20호 및 구같은법 제128조의 2 제2항 제20호에서 한국토지개발공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득하는 토지에 대하여는 취득세 및 등록세등을 면제하도록 규정하고 있고 건설부장관의 유권해석(토정 30221-19150, 1990.7.24)에서 한국토지개발공사가 정부투자기관관리기본법 제5조의 규정에 의하여 정부의 심사·조정·의결을 거쳐 수행하는 일반토지의 매입업무는 효율적인 토지정책 수행을 위한 국가계획의 일환으로 본다 라고 해석하고 있는 바 청구법인의 경우와 같이 이건 토지 취득 전년도인 1987년도 정부투자기관 경영목표를 작성하여 건설부장관 및 경제기획원장관으로부터 심사·조정·통제(심총 10710-93, 1987.10.30, 심총 10710-73, 1990.10.27)를 받았을 뿐만 아니라 청구법인의 1988회계년도(1988.1.1～12.31)결산서상 일반토지 매입 사업물량의 범위내에서 이건 토지를 취득한 것으로서 이건 토지는 국가계획에 의하여 매입된 토지에 해당된다고 보아야 하고 또한 청구법인은 이건 토지를 취득한 후 실수요자에게 공급하기 위하여 자체 내부계획을 수립하고 1990.3.30 청구법인의 토지처분심사위원회에서 매각하기로 의결한 다음 3차(1991.4.22, 1991.9.14, 1991.11.4)에 걸쳐 일간지에 매각공고를 하는등 일련의 조치를 취한 후 1992.1.3 청구외 (주)ㅇㅇ개발과 연부매각계약을 체결한 점을 미루어 보면 청구법인은 이건 토지 취득후 실수요자에게 적기에 공급하기 위한 일련의 조치를 다 하였다고 보아야겠고 더구나 지방세법상 과세면제 규정에서 토지개발공사가 토지를 취득한 후 일정한 기간내에 공급하지 아니하면 추징한다는 규정이 없는 이상 장기보유하였다는 사실만으로 기 과세면제된 취득세등을 추징할 수 없다고 보아야 하므로 처분청에서 청구법인에게 부과고지한 이건 취득세등은 적법한 부과처분 이라고 볼 수 없다고 판단된다. 따라서 청구법인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되고 처분청의 원처분이나 ㅇㅇ도지사의 이의신청 결정에는 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1993. 1. 28. 내 무 부 장 관